Jessica DITTMER

Doctorat, Université de Poitiers (France), 2013

Thèse

  • Directeurs de thèse: Didier Bouchon, Monique Johnson

Host-associated Microbiota in Armadillidium vulgare: Feminizing Wolbachia and other major players

Résumé

Les interactions isopodes terrestres-Wolbachia féminisantes constituent un excellent modèle d’étude des interactions multipartites complexes. A ce jour, trois Wolbachia féminisantes, issues d’histoires co-évolutives différentes, ont été identifiées chez l’hôte Armadillidium vulgare. L’objectif de cette thèse est d’avoir une vue plus complète du microbiote d’A. vulgare et de l’impact des souches de Wolbachia sur cette communauté bactérienne. Dans ce but, le microbiote d’A.vulgare a été caractérisé à plusieurs échelles: (i) dans des populations naturelles et des lignées contrôlées de laboratoire, (ii) au sein de différents tissus hôtes et (iii) en relation avec le statut d’infection par Wolbachia. Ceci a été accompli par une combinaison de PCR quantitative et des approches métagénomiques (Temperature Gradient Gel Electrophoresis (TGGE) et pyroséquençage d’amplicons par la technologie 454) basées sur le gène ARNr 16S. De plus, la séquence complète du génome d’un autre constituant majeur du microbiote, Candidatus Hepatoplasma crinochetorum (Mollicutes), a été obtenue. En combinaison avec des données transcriptomiques d’A. vulgare, ce génome a permis une première analyse des interactions fonctionnelles entre A. vulgare et ce symbiote encore très peu connu. Cette thèse ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude de la symbiose chez les isopodes terrestres.

Publications représentatives

1. Dittmer J, Koehler A, Richard F-J, Poulin R, Sicard M (2011). Variation of parasite load and immune parameters in two species of New Zealand shore crabs. Parasitol Res 109: 759-767.

2. Dittmer J, Lesobre J, Raimond R, Zimmer M, Bouchon D (2012). Influence of Changing Plant Food Sources on the Gut Microbiota of Saltmarsh Detritivores. Microb Ecol 64: 814-825.

3. Leclercq S, Dittmer J, Bouchon D, Cordaux, R (2014). Phylogenomics of ‘Candidatus Hepatoplasma crinochetorum’, a lineage of Mollicutes associated with non-insect arthropods. Genome Biol Evol (accepted).

4. Dittmer J, Beltran S, Lesobre J, Raimond M, Johnson M, Bouchon D. Host tissues as microhabitats for Wolbachia and quantitative insights into the bacterial community in terrestrial isopods. Mol Ecol (In review).

 

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