Mohamed Amine CHEBBI

Doctorant

Master «Sciences du Génome et des Organismes – Parcours: Génie biologique et informatique», Université d’Evry Val D’Essonne, 2012

Thèse

Directeurs de thèse : Jean Peccoud, Richard Cordaux

Etude du déterminisme génétique du sexe chez l’isopode terrestre Aramdillidium vulgare

Mots clés : Déterminisme du sexe, hétérogamétie femelle, chromosomes sexuels Z et W, gène masculinisant M, Séquençage à haut-débit , Illumina, PacBio, mapping.

Résumé

Chez les crustacés isopodes terrestres Armadillidium vulgare, le déterminisme du sexe et basé sur l’hétérogamétie femelle. Les femelles sont hétérogamétiques (ZW) et les mâles sont homogamétiques (ZZ). Les chromosomes sexuels Z et W ne présentent pas d’hétéromorphie apparente (c’est-à-dire qu’ils ne sont pas différenciés morphologiquement). Les individus femelles WW sont viables et la détermination génétique du sexe chez une espèce étroitement apparentée Armadillidium nasatum suit l’hétérogamétie mâle (XY). Ces observations suggèrent que l’évolution des chromosomes sexuels d’A. vulgare est à un stade initial de la spécialisation d’une paire d’autosomes ancestrale portant des déterminants sexuels.

Dans ce cadre, mon travail de thèse consiste à identifier des séquences spécifiques liées au sexe chez A. vulgare (chromosome W, gène masculinisant M), via des approches bioinformatiques et moléculaires.

Pour cela, nous suivons dans un premier temps, une stratégie hybride combinant les technologies de séquençage Illumina et PacBio pour générer un assemblage génomique de novo et une annotation pour une femelle ZW. Puis, des données de séquençage Illumina de pools d’individus frères et sœurs sont générées indépendamment et utilisées via des approches bioinformatiques (Mapping, Quotient chromosomique, SNP, etc..) afin d’identifier des séquences spécifiques liées au sexe.

Ces analyses nous permettraient de confirmer l’homomorphie des chromosomes sexuels chez A. vulgare et nous aideraient à mieux comprendre les forces évolutives qui s’exercent sur les chromosomes sexuels.

Publications

  1. Metegnier G., Becking T., CHEBBI M.A., Giraud I., Moumen B., Schaack S., Cordaux R. and Gilbert C. (2015) Comparative paleovirological analysis of crustaceans identifies multiple widespread viral groups. Mobile DNA 6(1):16
  2. Leclercq S., Thézé J., CHEBBI M.A., Giraud I., Moumen B., Ernenwein L., Grève P., Gilbert C., and Cordaux R. (2016) Birth of a W sex chromosome by horizontal transfer of Wolbachiabacterial symbiont genome. PNAS 113(52): 15036–15041

Communication orale

CHEBBI M.A., Becking T., Giraud I., Moumen B., Gilbert C., Peccoud J. and Cordaux R., 2017. In search of W sex chromosome-specific sequences in the genome of the isopod crustacean Armadillidium vulgare. ALPHY: Bioinformatics and Evolutionary Genomics, Lyon (France).

Coordonnées

Tél : +33 (0)5 4945 37 15

Fax : +33 (0)5 49 45 40 15

Email : mohamed.amine.chebbi@univ-poitiers.fr

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