Enviromics

Le plateau ENVIROMICS: Génomique environnementale

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Le plateau ENVIROMICS regroupe tous les dispositifs destinés aux techniques «omiques» (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) environnementales. Il comprend ainsi un parc d’appareils de PCR quantitative, de matériels d’analyses biochimiques (HPLC, LC/MS-MS etc…) ou protéomiques (électrophorèse 2D, etc…), un séquenceur haut débit (Roche Junior) et d’analyses bioinformatiques dédiées contenant deux serveurs de calcul (52 cœurs, 1 To et 144G de RAM) avec plus de 280 programmes (outils, pipelines), un serveur NAS de 30To et un serveur de stockage de 80 To.

Equipements expérimentaux

Equipements d’analyses moléculaire et biochimique

Séquenceur 454 Junior (Roche) : Séquençage nouvelle génération utilisé pour des analyses de génomique et métagénomique

Système de PCR quantitative LightCycler® 480 (Roche) : Suivi du niveau d’expression de gènes en temps réel

Système HPLC (Dionex) : Equipé d’une pompe de chargement et d’un détecteur UV-Visible 4 canaux, utilisé pour les analyses et purifications de substances naturelles actives sur biofilms et micorganismes indésirables

Electrophorèse 2D Protean (BioRad) : séparation de protéines en gels de polyacrylamide en 2 dimensions pour analyses protéomiques

LC-MS/MS Xevo-Q-TOF (Waters) : Spectromètre de masse couplé à un système UPLC et équipé d’une source Electrospray et d’un analyseur hybride Quadripole-TOF, permet d’analyser, caractériser et identifier les molécules d’intérêt (protéines, peptides, lipides, tanins,…)

Equipements Informatiques

Serveurs de calculs

  • Serveur de calcul (Dell PowerEdge R710)
  • Baie de stockage local dell MD1200 (22To)
  • Processors: 2 (2,66GHz)
  • Cores: 12C (24cpu)
  •  RAM: 144Go
  • Serveur de calcul (Dell PowerEdge R910)
  • Baie de stockage local dell MD1200 (22To)
  • Processors: 4 (2,26GHz)
  • Cores: 40C (80cpu)
  • RAM: 1,24To
  • OS: Redhat entreprise 6 (RHEL Santiago)

Blast2Go server : une machine virtuelle

  • Processors: (2,60GHz)
  • Cores: 4C (4cpu)
  • RAM: 16Go
  • OS: Ubuntu (Bio-Linux V8)

QIIME server : une machine virtuelle

  • Processors: (2,60GHz)
  • Cores: 4C (4cpu)
  • RAM: 16Go
  • OS: Ubuntu

Serveur de fichier (Lynx NAS 4240L)

  • Processors: 1
  • Cores: 4C
  • RAM: 12Go
  •  capacity: 28To
  • OS: Open-E Data Storage Server V6

Serveur de sauvegarde (Dell PowerEdge R710)

  • Une baie de stockage dell MD3460 (70 To)
  • Processors: 2 (2,66GHz)
  • Cores: 12C (24cpu)
  • RAM: 32Go
  • OS: MS Windows Server 2008R2 Entreprise

Contrôleur de domaine, Active Directory (HP workstation)

  • Processors: 1 (2,80GHz)
  • Cores: 2C (2cpu)
  • RAM: 2Go
  • OS: MS Windows Server 2008R2 Entreprise

Outils bioinformatiques

 

 

Plusieurs outils et pipelines sont installés sur les deux serveurs de calcul.

 

Personnels référents

Jean-Marc Berjeaud, Professeur

Didier Bouchon, Professeur

Willy Aucher, Ingénieur de Recherche CNRS

Carine Delaunay, Ingénieur d’Etudes

Cécile Gaillard, Technicienne UP

Isabelle Giraud, Ingénieur d’Etudes CNRS

Bouziane Moumen, Ingénieur de Recherche [Bioinformaticien]  CNRS