Le plateau ENVIROMICS: Génomique environnementale

Le plateau ENVIROMICS regroupe tous les dispositifs destinés aux techniques «omiques» (génomique, transcriptomique, protéomique, métabolomique) environnementales. Il comprend ainsi un parc d’appareils de PCR quantitative, de matériels d’analyses biochimiques (HPLC, LC/MS-MS etc…) ou protéomiques (électrophorèse 2D, etc…), un séquenceur (MinIOn MK1C Oxford Nanopore Technologies) et d’analyses bioinformatiques dédiées contenant trois serveurs de calcul et un grand cluster de calcul avec plus de 300 programmes (outils, pipelines),  un serveur NAS de 30To et un serveur de stockage de 80 To.

Equipements expérimentaux

Equipements d’analyses moléculaire et biochimique

• Séquenceur MinIOn MK1C (Oxford Nanopore Technologies)
• Fluoromètre Qubit
• Electrophorèse ADN/ARN sur micropuces MultiNA (Shimadzu)
• Séquenceur capillaire ABI Prism 3130 (AppliedBiosystems)
• Système de PCR quantitative LightCycler® 480 (Roche)
• Chaine analytique de Droplet Digital PCR QX200 (Biorad)
• 2 Systèmes HPLC (Thermo)
• 1 Système de Flash-Chromatographie
• Electrophorèse 2D Protean (BioRad)
• LC-MS/MS Xevo-Q-TOF (Waters)

Equipements Informatiques

Serveurs de calculs

Serveur de calcul (Dell PowerEdge R710)

• Baie de stockage local dell MD1200 (22To)
• Processors: 2 (2,66GHz)
• Cores: 12C (24cpu)
• RAM: 144Go

Serveur de calcul (Dell PowerEdge R910)

• Baie de stockage local dell MD1200 (22To)
• Processors: 4 (2,26GHz)
• Cores: 40C (80cpu)
• RAM: 1,24To

Serveur de calcul (Dell EMC R740)

• Processors : 2 (2.30Ghz)
• Clear
• Cores :24 (48cpu)
• 10To de disque

Cluster de calcul (Dell)

• 8 nœuds de calcul
• 3 To de RAM
• Cores : 272C (544cpu)
• 13 Teraflops

Blast2Go server : une machine virtuelle

• Processors: (2,60GHz)
• Cores: 4C (4cpu)
• RAM: 16Go

QIIME server : une machine virtuelle

• Processors: (2,60GHz)
• Cores: 4C (4cpu)
• RAM: 16Go

Serveur de fichier (Lynx NAS 4240L)

• Processors: 1
• Cores: 4C
• RAM: 12Go
• capacity: 28To

Serveur de sauvegarde (Dell PowerEdge R710)

• Une baie de stockage dell MD3460 (70 To)
• Processors: 2 (2,66GHz)
• Cores: 12C (24cpu)
• RAM: 32Go

Contrôleur de domaine, Active Directory (HP workstation)

• Processors: 1 (2,80GHz)
• Cores: 2C (2cpu)
• RAM: 2Go

Outils bioinformatiques

Plusieurs outils et pipelines sont installés sur les deux serveurs de calcul.

Personnels référents :

Isabelle Giraud, Ingénieur d’Études CNRS (Référente Acides nucléiques)

Bouziane Moumen, Ingénieur de Recherche (Référent Bioinformatique)

Julien Verdon, MCU (Référent Biochimie)