Les activités de recherche de l’équipe EES s’inscrivent dans le cadre général de l’analyse des associations symbiotiques et portent sur l’étude des interactions entre des crustacés et les microorganismes qu’ils hébergent. Le modèle central de l’équipe correspond à l’association crustacés terrestres (isopodes) / bactéries parasites de la reproduction du genre Wolbachia, où le phénotype majoritairement induit chez l’hôte est la féminisation des mâles génétiques. L’équipe EES développe une analyse intégrée des conséquences de cette interaction aux niveaux fonctionnel, populationnel et évolutif. Cette étude considère aussi de manière plus globale l’hologénome qui inclut l’information génétique des microorganismes présents dans tous les compartiments physiologiques des individus. Enfin, l’échelle la plus large consiste à considérer la présence et la dynamique des populations d’arthropodes symbiotiques selon les caractéristiques environnementales d’écosystèmes continentaux anthropisés. Nous mesurons ainsi in situ l’impact des communautés microbiennes sur leurs hôtes, reconnus comme indicateurs biologiques des agrosystèmes (macrofaune du sol) et des systèmes aquatiques (macro-invertébrés).

L’ensemble des travaux de l’équipe EES est mené selon trois thèmes de recherche étroitement liés et complémentaires :

• Impact évolutif de la symbiose : ce thème de recherche concerne la compréhension de la féminisation induite par les symbiontes et ses implications biologiques à différents niveaux d’analyse.

Mots-clés : déterminisme du sexe, différentiation sexuelle, féminisation, interactions moléculaires, symbiose, Wolbachia, plasticité génomique, génomique comparative, génétique évolutive.

• Interactions dans l’holobionte : ce thème de recherche concerne le dialogue moléculaire et la coévolution entre les différents partenaires au sein de l’holobionte (hôte, bactéries, virus…).

Mots-clés : immunité, symbiose, Wolbachia, invertébrés, interactions hôte-parasite, évolution, facteurs de virulence, microbiote, hologénome, éléments génétiques mobiles, transferts horizontaux, mitogénomique.

• Biodiversité et agrosystèmes : ce thème de recherche porte sur l’évolution et le fonctionnement de la biodiversité, notamment dans le contexte d’écosystèmes continentaux anthropisés.

Mots-clés: biodiversité, pratiques agricoles, bioindicateurs, espèces patrimoniales, conservation, qualité habitat, espèces invasives, écologie comportementale, éthologie, écologie chimique, stratégies de reproduction, modélisation, hétérozygotie, kin selection, choix du partenaire.

Frédéric GRANDJEAN, Responsable de l’Equipe EES