Doctorat, Université de Nancy (France), 2004
HDR, Université de Poitiers (France), 2018

Thèmes de Recherche/Research interest

De nouvelles approches FISH pour révéler les mécanismes de maintien et de régulation de la population de Wolbachia chez Armadillidium vulgare.

Grâce à des sondes moléculaires fluorescentes, la technique d’Hybridation in situ Fluorescente (FISH) permet non seulement de détecter les bactéries de l’environnement, mais aussi de les identifier, les localiser et les énumérer. Chez A. vulgare, on sait que la distribution des Wolbachia est très hétérogène, mais elle reste mal caractérisée : appliquer la FISH à grande échelle permettra de réaliser une véritable cartographie des endosymbiotes.

La FISH peut aussi être appliquée à l’étude de l’expression des gènes, les sondes moléculaires détectant cette fois les transcrits des gènes exprimés : la quantification de la fluorescence émise par les sondes permet de quantifier l’expression des gènes. D’une part, il s’agit de mettre en relation l’expression des gènes de l’hôte avec l’effectif des Wolbachia, à l’échelle de la cellule mais aussi des tissus et des organes. Les deux aspects de la technique FISH (détection de bactéries/détection de transcrits) seraient alors combinés au sein de la même expérience. D’autre part, il serait possible d’observer conjointement et de mettre en relation les variations de l’expression des gènes de l’hôte et des gènes des Wolbachia.

Ce travail repose sur les gènes d’intérêt issus de l’analyse de banques de matériel génétique construites par les projets EuWol et EndoSymbArt.

Mots-clés : Hybridation in situ fluorescente, microscopie confocale, analyse d’images, semi-automatisation

New FISH approaches to investigate Wolbachia persistance and regulation within Armadillidium vulgare

Thanks to fluorescent molecular probes, Fluorescence in situ hybridization (FISH) combines molecular identification, enumeration and localization of environmental bacteria. Wolbachia distribution in A. vulgare remains poorly characterized, though we know it is heterogenous. Large scale FISH will allow to map the endosymbionts within the host.

Alternatively the fluorescent probes can be directed against transcripts, in which case FISH allows to quantify gene expression. On the one hand, we can combine in the same experiment both FISH approaches (targetting bacteria/targetting transcripts) to correlate host gene expression with Wolbachia numbers, in single cells but also in tissues or organs. On the other hand, we can target both host and Wolbachia transcripts, to show how A. vulgare and Wolbachia influence each other through gene expression.

This work relies on genes of interest selected during the analysis of molecular banks produced in the projects EuWol and EndoSymbArt.

Key-words : Fluorescence in situ hybridization, confocal microscopy, image analysis, semi-automation

Publications représentatives/Selected publications

• Bertaux J., Schmid M., Chemidlin Prevost-Boure N., Churin J. L., Hartmann A., Garbaye J., and Frey-Klett P. (2003). « In situ identification of intracellular bacteria related to Paenibacillus spp. in the mycelium of the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor S238N. » Appl. Environ. Microbiol. 69:4243-4248.
• Bertaux J., Schmid M., Hutzler P., Hartmann A., Garbaye J., and Frey-Klett P. (2005). « Occurrence and distribution of endobacteria in the 4. plant-associated mycelium of the ectomycorrhizal fungus Laccaria bicolor S238N. » Environ. Microbiol. 7:1786-1795.
• Bertaux J., Gloger U., Schmid M., Hartmann A., and Scheu S. (2007). « Routine Fluorescence in situ hybridization in soil. » J. Microbiol. Meth. 69:451-460
• Barbieri E., Guidi C., Bertaux J., Frey-Klett P., Garbaye J., Ceccaroli P., Saltarelli R., Zambonelli A., and Stocchi V. (2007). « Occurrence and diversity of bacterial communities in Tuber magnatum during truffle maturation. » Environ. Microbiol. 9:2234-2246.
• Bertaux J., Garbaye J. and Frey-Klett P. (2007), Bactéries intracellulaires chez les champignons : la face cachée de la mycologie, Biofutur. 35-38.